國史館臉書一句「中華民國已經由北京政府代表、繼承」說法引爭議。台灣師範大學國際與僑教學院前院長潘朝陽表示，台獨者的意識形態和實施方法，一是以「獨立自主的台灣」來抗拒中國，台灣與中國是不相統屬的兩國。一則是必須將「中華民國」從台灣清除出去，所以才會有台灣地位未定論、台灣託管論等幾種說法。

潘朝陽說，此次國史館的說詞則是宣稱1949年「中華民國」已被「中華人民共和國」取代，所以退到台灣的，並非真正有主權的國家；「中華民國」已經消滅，在台灣的這個國家不是一個完整的政體。而基於台獨此觀點，台灣島就必須為自己建立屬於自己完整獨立自主的國家，並稱為「台灣國」。

然而，對北京而言，中華民國和中華人民共和國並非「兩個國家」，而是前後代表中國的兩個政權；中華民國政權因為腐敗，所以被中華人民共和國以革命的方式推翻，因而中華人民共和國是唯一代表中國主權的政權。但因為國民政府逃到台灣，治權僅及於台澎金馬，所以中華民國以一種不完全的形式繼續存在，此即王曉波先生所強調的「中華人民共和國」是未完全地繼承了中國主權，尚有一部份地區的治權仍由中華民國掌有，而中華民國也堅持她擁有中國完整的主權。

潘朝陽說，此即中國的現代狀況，就是一個中國的主權，但暫由兩個政權各自在大陸和台灣行使治權：「因此，台灣是中華人民共和國的台灣也是中華民國的台灣，而大陸是中華人民共和國的大陸也是中華民國的大陸。」

潘朝陽說，因為如此，所以北京才與台北和談而共同簽署了「九二共識」的協定，希望進一步達成和平統一，其統一的形式為何，是可以談的。

他認為，基於此，雙方的共同點是一個中國主權，但北京堅持在國際上由中華人民共和國代表中國，是唯一的政權。唯在中國本身內部仍然有局部治權的中華民國存在。就中國人而言，北京並不認為台灣就已是無主之島，可以由外國託管或者獨立。兩岸治權的中華人民共和國與中華民國應坐下來商議和平統一之形式。此即何以北京至今仍然主張「和平統一，一個中國」的原因。武統是針對台獨分裂主義和帝國主義的方式，不是針對台灣的中國人。